Creado en el año 1976, a raíz del terremoto e implementado hasta el año 1986.Hasta el año 1994 solamente se realizaba examen bacteriológico y algunos parámetros físico químico en agua para consumo humano.
A partir del año 1995, se amplía el área de fisicoquímico. En el año 2000 se finaliza la construcción del nuevo laboratorio y se traslada la unidad a las instalaciones de la zona 7 (Unepar) con el nombre “Laboratorio de Agua”.
En el año 2002, se revisan, actualizan y mejoran los métodos de análisis y se incorpora el control de calidad analítica y depuración de datos.